Naselje Šmarjeta se je prvotno imenovalo Bavarska vas. Ime Bavarska vas je kraj dobil po priseljencih z Bavarske, ki so jih freisinški škofje ob koncu 12. in predvsem v 13. stoletju naseljevali na svojih posestvih na Slovenskem. Kasneje se je kraj poimenoval po zavetnici cerkve sv. Marjeti in se kot Šmarjeta navaja že leta 1314. Samostojna župnija (Sand Margreten pfarr) se v Šmarjeti omenja v 15. stoletju, leta 1424 pa je bila kot vikariat pražupnije Bela Cerkev inkorporirana cistercijanskemu samostanu v Stični.

Ko so leta 1526 na Kranjskem popisovali dragocenosti v župnijskih in podružničnih cerkvah, je župnija Šmarjeta spadala pod štatenberško selsko sodišče.

Nekaj drobcev o stanju na župniji v dobi reformacije lahko razberemo iz vizitacijskega zapisnika, ki ga je leta 1581 napravil generalni vikar oglejskega patriarha škof Pavel Bizancij. Škof Bizancij omenja župnijsko cerkev v Šmarjeti, pa tudi cerkve v Slapeh, Cerovcu, Vinici, Žalovičah, Toplicah in na Vinjem vrhu. Zanimivo je, da Bizancij ne omenja cerkve sv. Lenarta na Koglem, čeprav ima ta gotsko arhitekturo, je pa med šmarješke podružnice uvrstil cerkev sv. Nikolaja v Kronovem.

Župnijo Šmarjeta omenja v svoji Slavi vojvodine Kranjske iz leta 1689 tudi Valvasor, ki zapiše, da je v župniji Šmarjeta sto krstov in dvajset pogrebov na leto.

Leta 1754 je imela župnija Šmarjeta 2223 prebivalcev, od tega 1073 moških in 1150 žensk