Lega. Cerkev stoji v naselju, njej pripadajoči areal, ki je prostor nekdanjega pokopališča, določa kamnit zidec.

V Šmarjeti se srečujemo kar z dvema cerkvama: z obstoječo stavbo, pozidano v prvi četrtini 20. stoletja in z njeno dosti starejšo prednico, ki se je morala umakniti novogradnji. Načrt za novogradnjo je bil izdelan leta 1907, napravil ga je arhitekt Josip Vancaš. Gradnjo cerkve je pričel župnik Andrej Zaman, dokončal pa župnik Ivan Perko. Star vzhodni zvonik in prezbiterij so pričeli podirati v začetku novembra 1909, na binkoštni ponedeljek leta 1910 pa je novomeški prošt Sebastijan Elbert blagoslovil temeljni kamen nove cerkve, novo cerkev pa 15. julija 1928 ljubljanski škof Anton Bonaventura Jeglič. Arhitektura nove šmarješke cerkve izdaja stilne elemente novorenesančnega sloga, kar je bila tudi ena od značilnosti Vancašovega projektiranja.

Glavni oltar župnijske cerkve sv. Marjete izdelan v letih 1912 €“ 1914.

Marmorne menze glavnega in dveh stranskih oltarjev je leta 1912 izdelal ljubljanski kamnosek Feliks Toman. Sliko sv. Marjete za glavni oltar je leta 1913 naslikal Anton Jebačin, njen bogato izrezljani okvir pa je izdelal podobar Ivan Pengov, oba iz Ljubljane. Na oltarni menzi zavzema osrednje mesto velik marmornat tabernakelj, ob katerem klečita angela.

Nastavek levega stranskega oltarja je izdelek Feliksa Tomana. Vanj je vdelana slika Srca Jezusovega, ki jo je naslikal Anton Jebačin. Desni stranski oltar je posvečen sv. Jožefu.

Stenska slika sv. Frančišek s tretjeredniki Matije Koželja iz leta 1885, torej iz stare šmarješke cerkve.

Stenska slika Križanje v šmarješki župnijski cerkvi, delo neznanega italijanskega avtorja, znamenita dragocenost slovenskega nabožnega slikarstva.

Znamenita slika, katere prvotno mesto je bilo v slapenski cerkvi, visi v južni stranski kapeli. Mnogofiguralna kompozicija se visi zgleduje po sliki manierističnega slikarja B. Luinija v cerkvi Santa Maria degli Angeli v Luganu in je eno najbolj kakavostnih del iz zgodnjega 17. stoletja pri nas.

Pod pevskim korom visita sliki sv. Jurija in Darovanja v templju, nastali verjetno še v 18. stoletju.

Orgle so del starega cerkvenega inventarja iz prve polovice 19. stoletja, napravil pa jih je Peter Rumpel iz Kamnika.

Slikana okna. Šmarješka cerkev je ob novogradnji dobila slikana okna, ki so bila med drugo svetovno vojno precej poškodovana in leta 1960 popravljena. Okna so dar posameznih darovalcev, v prezbiteriju ju je kupil župnik Zaman.

Nagrobni plošči. Pri prenovi notranjščine leta 1957 sta bili pod pevski kor vzidani nagrobni plošči šmarješkima župnikoma Jakobu Jegliču in Janezu Volčiču.

Na severni strani je v kamnit zidec vzidan nagrobnik župnika Skale. Pri opisu župnijske cerkve sv. Marjete velja omeniti še to, da je na njenem pročelju vzidana spominska plošča z imeni padlih v 1. svetovni vojni.