Naselje Šmarjeta se je prvotno imenovalo Bavarska vas (ambo Paiersdorf, po Janezu HĂśflerju je to danes Dolenja vas). S tem imenom je prvikrat omenjeno že leta 1252, kot Spodnja Bavarska vas (in Inferiori Pairisdorf) pa tudi v urbarju klevevškega gospostva iz okoli let 1291 in 1318. Ime Bavarska vas je kraj dobil po priseljencih z Bavarske, ki so jih freisinški škofje ob koncu 12. in predvsem v 13. stoletju naseljevali na svojih posestvih na Slovenskem. Poleg Škofje Loke in njene okolice je bilo to tudi ozemlje klevevškega gospostva na Dolenjskem v bližini Šmarjete. Kasneje se je kraj poimenoval po zavetnici cerkve sv. Marjeti in se kot Šmarjeta (S. Margareta) navaja že leta 1314. Tega leta je v Šmarjeti posredno (z vikarjem) omenjen tudi vikariat (najnižja upravna enota katoliške cerkve), ki je sodil v župnijo Bela Cerkev (aput S. Margaretam plebis Albe ecclesie). Janez HĂśfler meni, da ga je verjetno v začetku 14. stoletja ustanovil freisinški škof za prebivalce bavarske vasi. Samostojna župnija (Sand Margreten pfarr) se v Šmarjeti omenja v 15. stoletju, leta 1424 pa je bila kot vikariat pražupnije Bela Cerkev inkorporirana cistercijanskemu samostanu v Stični.

Ko so leta 1526 na Kranjskem popisovali dragocenosti v župnijskih in podružničnih cerkvah, je župnija Šmarjeta spadala pod štatenberško selsko sodišče. V njem pa niso zabeležili stanja po posameznih cerkvah, ampak enotno za celo župnijo. Zato lahko iz tega popisa izvemo le to, da je farna cerkev skupaj s podružnicami za protiturški davek oddala srebrno monštranco, tri srebrne in šest bakrenih kelihov s srebrno čašo, cerkvam pa je ostalo pet kelihov. V primerjavi z drugimi župnijami je bil šmarješki prispevek dokaj skromen.

Nekaj drobcev o stanju na župniji v dobi reformacije lahko razberemo iz vizitacijskega zapisnika, ki ga je leta 1581 napravil generalni vikar oglejskega patriarha škof Pavel Bizancij. Na ozemlju župnije Bela Cerkev in njenih vikariatov Šmarjeta, Šentpeter (Otočec), Škocjan in Raka je bilo nekaj gradov, ki so bili v lasti luteranskih plemiških družin (Stari grad, Otočec, Raka). Toda luteranstvo se ni kaj dosti razširilo, saj je bilo to ozemlje precej oddaljeno od meščanskih središč, v katerih je bila nova vera bolj prisotna. Tako sta bili v župniji Šmarjeta luteranski le dve hiši.

Bizancij omenja župnijsko cerkev v Šmarjeti, pa tudi cerkve v Slapeh, Cerovcu, Vinici, Žalovičah, Toplicah in na Vinjem vrhu. Na njem sta takrat stali kar dve cerkvi, ena posvečena Materi božji in druga sv. Volbenku. Zanimivo je, da Bizancij ne omenja cerkve sv. Lenarta na Koglem, čeprav ima ta gotsko arhitekturo, ki je bila ok. leta 1581 gotovo že pozidana. Je pa med šmarješke podružnice uvrstil cerkev sv. Nikolaja v Kronovem. Ta je našteta med šmarješkimi podružnicami tudi v Valvasorjevi Slavi vojvodine Kranjske iz leta 1689. Valvasor še pove, da je v gradu Klevevž kapela Naše ljube Gospe, da sodi župnija Šmarjeta pod stiški samostan, ki na njej tudi nastavlja duhovnike in da je v Šmarjeti za župnika Lavrencij Bogataj (Laurentius Bogutai).

Jeseni leta 1713 je šmarješko župnijo vizitiral stiški opat Anton baron Gallenfels. Cerkveni ključarji so se mu pritožili tako nad župnikom kot tudi nad kaplanom. Vizitatorju so povedali, da župnik opušča bogoslužje, večkrat celo ob nedeljah in praznikih, in da že dve leti niso slišali njegove pridige. Pogosto tudi ne vedo, kdaj bo maševal, saj tega ne oznani z zvonjenjem. Za kaplana so trdili, da je redko doma, da se večinoma zadržuje na svojem gradu Prežek, tako da ima največkrat maše drugod.

Valvasor pravi v svoji Slavi iz leta 1689, da je v župniji Šmarjeta sto krstov in dvajset pogrebov na leto. Tem številkam pa oporeka Volčič, ki je na podlagi matrik ugotovil, da je bilo v župniji največ otrok rojenih leta 1752 in to 86. Največ ljudi je umrlo leta 1801, kar 87, med njimi največ otrok. Leta 1754 je imela župnija Šmarjeta 2223 prebivalcev, od tega 1073 moških in 1150 žensk. Najbolje je bila zastopana starostna skupina do 15. leta starosti, v kateri je bilo kar 886 otrok. Na drugem mestu je bila skupina v starosti 20-40 let, ki je štela 726 ljudi, starih več kot 50 let pa je bilo 182 ljudi.